באחד ממשפטי המפתח בהודעת המדינה לבג"ץ מנובמבר 2015 נאמר כי נתניהו החליט "לחזור ולפעול בהתאם למה שהיה נהוג בעבר בכל הנוגע למתן היתרים לעבודה בשבת". כלומר, המדינה מודה כי הסטטוס־קוו שהיה קיים בעניין במשך שנים רבות הוא שהרכבת קיבלה היתרים קבועים לעבוד בשבת. במילים אחרות: מי שהפר את הסטטוס־קוו היה דווקא ראש הממשלה בנימין נתניהו, שהחליט ביום שישי האחרון לעצור ביצוע של עבודות שהיו מקובלות על כל ממשלות ישראל לאורך השנים.

מקריאה מעמיקה של העתירה עולה עוד, כי במשך שנים היה קיים מנגנון מוסדר שבו הרכבת הייתה מבקשת מפעם לפעם היתרים - ושר הכלכלה היה נותן את ההיתר. על פי העתירה, "בהתאם להוראות שעות עבודה ומנוחה, פנתה הרכבת מפעם לפעם למשרד הכלכלה בבקשה להנפקת היתרי עבודה בשבת משני סוגים: היתר עבודה שנתי קבוע הנוגע לעבודות חיוניות שוטפות של עובדים שונים, כגון: נהגים לצורך פתיחת ציר מסילה, עובדי תחזוקת קרונות, עובדי פיקוד הרכבת, ועוד, והיתר מיוחד, הניתן לתקופה של חודשיים לצורך ביצוע עבודות תשתית ופיתוח".

חשוב להדגיש, כי על פי העתירה גם סוג זה של היתרים לא נבע מ"פיקוח נפש", אלא היה סטטוס־קוו שלפיו ההיתרים המיוחדים ניתנו "על מנת שלא לפגוע בניהול התנועה השוטפת של הרכבות לאורך השבוע".

גם מנכ"לית משרד התחבורה, קרן טרנר, התייחסה בראיון לאולפן ynet לסטטוס־קוו שהיה נהוג במשך שנים: "במישור המקצועי אני מופתעת שכל המדינה צריכה להיות בסחרור, אף שלא השתנה שום דבר בעבודה שלנו מזה שנים. כואב לראות את הטירוף הזה ואת הפגיעה בציבור. חוק שעות העבודה מדבר גם על כלכלת ישראל ושירות חיוני. מי שלא רוצה שנעבוד בשבת צריך לשנות באופן אקטיבי את החוק שמאפשר זאת".

לדברי המנכ"לית טרנר, "חוק שעות עבודה ומנוחה לא רק מדבר על פיקוח נפש. אם מישהו רוצה שלא נעבוד בשבת, מישהו צריך להסביר למה החוק מאפשר זאת. חברות אחרות שלא קשורות למשרד התחבורה כן עובדות. לא מנתקים רשת חשמל באמצע שבוע, לא מנתקים צינור מים וביוב באמצע שבוע, וככה גם רכבות".