יום לפני שאמור היה למסור את תגובתו לעתירה שהוגשה לבג"ץ נגד המשך העסקתו, הודיע במפתיע עו"ד יצחק מולכו על התפטרות מתפקידו כשליח המדיני של ראש הממשלה.
"בהמשך לפניות קודמות שלי אליך", כתב מולכו במכתב ששיגר לנתניהו, "אני מתכבד לפנות אליך בבקשה כי תשחרר אותי מתפקידי כשליח ויועץ מיוחד... אותו אני ממלא מזה כמה וכמה שנים בבחינת שירות לאומי בהתנדבות".
מולכו, שנחשב לאחד האישיים המקורבים ביותר לנתניהו, שימש בתפקיד הרגיש כשליחו המדיני בקדנציה הראשונה שלו בראשות הממשלה (1999-1996) ושוב מאז 2009 עם חזרתו לתפקיד. אמש כתב נתניהו למולכו: "איני צריך למנות את המשימות המדיניות הרגישות והחשובות שביצעת. עשית זאת תוך שילוב נדיר של כישרון, ניסיון וידע מקיף ועמוק של הסוגיות”.
בלשכת רה"מ הסבירו את ההתפטרות בטענה כי לאחר שנים רבות בתפקיד, פנה כבר לפני למעלה משנה מולכו לנתניהו בבקשה לשחררו מתפקידו — וכי זה נענה לו עכשיו. בלשכת רה"מ טענו כי מולכו הסביר את החלטתו ב"תחושת מיצוי" ו"ברצון להתמסר לדברים אחרים כמו המשפחה ומוזיאון ישראל שהוא משמש כיו"ר בהתנדבות", כמו גם הרצון להקדיש את זמנו לעבודתו כעורך דין.
עם זאת, תזמון ההתפטרות מעלה חשד כי ייתכן שמניעים אחרים מעורבים בהחלטה. ביולי פנה עו"ד שחר בן מאיר ליועמ”ש בדרישה להפסיק את העסקתו של מולכו — שהוא גם שותפו של עו"ד דוד שמרון, מקורבו של נתניהו, שעומד במוקד פרשת הצוללות. בשל מעורבותו לכאורה של שמרון בפרשה, טען בן מאיר כי המשך פעילותו של מולכו כשליחו של ראש הממשלה מהווה ניגוד אינטרסים. באוגוסט עתר בן מאיר לבג"ץ נגד המשך העסקתו — והיום אמור היה להיות היום האחרון שבו ניתן למדינה ולמולכו למסור את תגובתם.
"זו התפטרות מאוחרת בכמה שנים, בוודאי שהייתה צריכה להתבצע מיד עם חשיפת פרשת הצוללות, אם לא מיוזמת מולכו עצמו, אז בהוראה מפורשת של היועץ המשפטי לממשלה”, הגיב אמש בן מאיר.
אף שמולכו עתיד לעזוב את תפקידו רק בפברואר 2018, גורמים במערכת הפוליטית העריכו כי התפטרותו קשורה באופן ישיר לתשובה שצריך היה למסור היום לבג"ץ, ולרצונו להימנע מלענות לשאלות קשות.
המועמד המוביל להחליפו בתפקיד הוא מנכ"ל משרד החוץ לשעבר דורי גולד.
