פסולת רדיואקטיבית מהכור בדימונה וממקורות נוספים עלולה לדלוף מאתר ההטמנה שבתחומי הכור ולזהם את הסביבה ואף לחדור לשרשרת המזון. כך עולה ממחקרים שבוצעו בשטח הכור בדימונה ותמציתם פורסמה בעיתון הפנימי של הארגון, "פי האטום".
על פי המחקרים, שיטפונות וצמחים שחודרים לקרקע ולאתר הפסולת עלולים להביא לסחיפת חומרים רדיואקטיביים מהאתר לסביבה.
בתוך השטח הסגור סביב הכור בדימונה נמצאת מטמנת הפסולת הרדיואקטיבית של ישראל. לא מדובר במבנה אטום אלא בקבורה רדודה בחביות, שעלולות להתבלות ולהיסדק. החביות מכוסות בשכבה של כשני מטרים אדמה. אל המטמנה מובאת פסולת רדיואקטיבית מהכור בדימונה, מהכור בשורק, ממפעלי תעשייה ועוד. היקפי הפסולת שהוטמנה אינם ידועים.
ממשרד רה"מ נמסר: "בשונה מהכתוב במאמר, אין סכנה כי מזהמים רדיואקטיביים יתפשטו מחוץ לתחומי אתר אחסון הפסולת ויזהמו את הסביבה. הקריה למחקר גרעיני נגב (קמ"ג) פועלת על פי התקנים הבינלאומיים המחמירים ונמצאת תחת ביקורת חיצונית להבטחת יציבות החומרים באתר האחסון לטווח הקצר ולשנים רבות קדימה".
