עימות חריג ביותר בין הרמטכ"ל גדי איזנקוט לבין שר הביטחון לשעבר אביגדור ליברמן, התרחש כמה שבועות בלבד לפני שליברמן הודיע במסיבת עיתונאים מיוחדת על החלטתו להתפטר מתפקידו.
ברקע ההחלטות בנוגע לטיפול ברצועת עזה, הגיע שר הביטחון דאז ליברמן לדיון בפורום קצינים בכירים, בראשות הרמטכ"ל רב־אלוף גדי איזנקוט. ליברמן ביקש את המלצות צה"ל והופתע, ככל הנראה, לשמוע את דברי הרמטכ"ל, שאמר: "אין הצדקה לפעולה קרקעית. אין מה להרוויח מזה". גם שאר הקצינים הבכירים שנכחו בדיון גיבו את עמדת הרמטכ"ל, וגרסו אף הם שכרגע אין מה לחפש בעימותים מול החמאס בעזה.
ליברמן, שנראה שהופתע מהתשובה ובעיקר מהגישה, השיב באמירה חריגה: "אני מרגיש פה לפעמים כמו בדיונים עם הנהלת שלום עכשיו".
מליברמן נמסר בתגובה: "שר הביטחון היוצא אביגדור ליברמן לעולם לא התייחס ולא יתייחס לדיונים צבאיים סגורים וגם לא לשמועות ולרכילויות".
על המתיחות החריפה בין ליברמן, כשהיה שר הביטחון, לבין צמרת הצבא, פורסם לראשונה בטורו של נחום ברנע ב"ידיעות אחרונות" יום לאחר התפטרותו של ליברמן בחודש שעבר.
ליברמן התפטר מתפקידו לפני כשלושה שבועות על רקע חודשים של מתיחות מול רצועת עזה, ולאחר שבניגוד לדעתו הושגה הפסקת אש עם חמאס לאחר יום שבו נורו מאות רקטות לשטח ישראל. "להפסקת האש אין שום הגדרה אחרת, אלא כניעה לטרור", הבהיר אז ליברמן. "מבחינת הסדר ההגיוני, מבחינת האינטרס הביטחוני, היינו חייבים קודם כל לסיים את הסיפור של הדרום. הסיפור של הדרום קודם לכל".
