מאגרי הגז שהתגלו בשנים האחרונות מסביב לישראל מבטיחים הכנסות של מיליארדים לקופת המדינה. אבל מסתבר שבשל מחלוקת בין ישראל לקפריסין, סביב הזכויות על גז טבעי שנמצא במאגר חוצה גבולות, ובשל מה שנראה כמו הזנחה של הנושא מהצד הישראלי, מדינת ישראל עלולה להפסיד כ־5 מיליארד שקל מתמלוגי גז שיילכו לקופת קפריסין.
מאגר ישי נמצא בקצה המים הכלכליים של ישראל, ממש על קו הגבול עם קפריסין, צמוד לתגלית הגז באי, המכונה "אפרודיטה". ישי נמצא בבעלות קונסורציום חברות ישראליות, חלקן ציבוריות וחלקן מוחזק ע"י המפעיל שהינו חברה זרה. אפרודיטה השוכן בשטח הקפריסאי, נמצא בבעלות חברות "דלק", "נובל" ו"של" וממשלת קפריסין. ב־2012 נתגלו ב"ישי" סימני גז טבעי.
במהלך הקידוח בישי התגלה ש"אפרודיטה" הקפריסאי 'גולש' למאגר "ישי", וכי הגז שהתגלה בקידוח האקספלורציה ב"ישי" מהווה חלק אינטגרלי מ"אפרודיטה". לכן, "אפרודיטה" מוגדר כמאגר 'חוצה גבולות', כלומר כזה הנמצא בבעלות שתי מדינות שכנות או יותר.
העמדה הרשמית של משרד האנרגיה היא כי היקף כמויות הגז הטבעי בצידו הישראלי של מאגר "אפרודיטה", שנמצא בתחום "ישי" עומד על בין 7 ל־10 BCM. ב־2010 חתמו ישראל וקפריסין על הסכם בו התחייבו לשאת ולתת בדבר חלוקת האחזקות ופיתוח במאגרים חוצי גבולות בין המדינות. הצדדים סיכמו שאם לא יגיעו להבנות בזמן סביר יפנו לבוררות. 6 שנים חלפו מאז שהסתיים הקידוח ב"ישי" וכ־5 שנים מאז הוחלף המידע בין הצדדים, אך עד היום לא נחתם הסכם. בקשת בעלות "ישי" כי המדינה תאכוף את ההסכם מול קפריסין ותדרוש ממנה לפנות לבוררות בעניין נענו בשלילה.
אין חולק כי חלק מ"אפרודיטה" נמצא במאגר ישי ומוגדר כמאגר 'חוצה גבולות'. אם בקפריסין להפיק באופן חד צדדי גז מ"אפרודיטה", ישאבו הקפריסאים בוודאות גם את הגז הנמצא בצידו הישראלי של המאגר.
גורמים בענף הגז אומרים, כי ישראל אינה עושה די על מנת להבטיח את זכויותיה במאגר. בזמן שקפריסין מכתיבה את קצב התקדמות המו"מ שנמשך שנים, היא מקדמת במקביל מסלול עוקף ומכשירה את הקרקע לפיתוח המאגר באופן חד־צדדי. כך למשל, חתמו ממשלות קפריסין ומצרים על הסכם שמכשיר את הקרקע להנחת צינור תת ימי מהמאגר לחופיה של מצרים. בנוסף, מסתירים בקפריסין מהזירה הבינלאומית באופן עקבי את טענותיה של ישראל לזכויות במאגר ואת עצם קיום המו"מ בין המדינות. ע"פ הערכה, הפקת גז באופן חד צדדי מ"אפרודיטה", תביא להפסד של בין 3 ל־5 מיליארד שקלים מהכנסות שמקורן במיסים ממאגר "ישי".
גורמים הקשורים למאגר "ישי" מסרו: "הוכחנו חד משמעית כי מאגר אפרודיטה נמצא בחלקו במים הכלכליים של ישראל. כל הנתונים על מנת להגיע להסדרה בין המדינות קיימים למעלה מ־6 שנים ולא ברורה לנו הסיבה לכך שהתהליך עדיין לא הושלם". במשרד האנרגיה דוחים בתוקף את הטענות על הזנחת הנושא: "המשרד ממשיך בהתדיינות על הנושא מול קפריסין, תוך שמירה על האינטרסים של ישראל במאגר. החברות הישראליות המחזיקות בחזקת ישי מודעות לכך שעד להגעה להסכם ישראל וקפריסין אינן יכולות לפתח את המאגר באופן חד צדדי".
