פרשת חאן־יונס ממשיכה לטלטל את צה"ל: הרמטכ"ל ביטל בצעד חריג את מינויו של מפקד היחידה הטכנולוגית באמ"ן רגע לפני כניסתו לתפקיד, ובמקומו ימונה מפקד חדש. הסיבה: בתחקירים התגלו תקלות רבות של היחידה, וכוכבי מעדיף להציב בראשה קצין טכנולוגי ולא קצין לוחם כמו מפקד היחידה המיועד, סא"ל ע', שמגיע מהמערך המבצעי ושירת כקצין בסיירת מטכ"ל. סא"ל ע' אמור היה לעלות בדרגה לאל"מ ולהתחיל את תפקידו בעוד חודש וחצי.
היחידה הטכנולוגית של אגף המודיעין נחשבת ליהלום שבכתר של צה"ל. שם נולדו ונולדים פיתוחים יוצאי דופן שנראו דמיוניים, והיחידה זכתה בעבר 33 פעמים בפרס ביטחון ישראל ובאין־ספור פרסים נוספים. כעת מפקד עליה אל"מ ק', שאמור לסיים את תפקידו בעוד חודשיים. מי שאמור היה להחליף אותו הוא סא"ל ע', שסוכם לתפקיד על ידי הרמטכ"ל הקודם גדי איזנקוט.
ביום שישי האחרון זומן סא"ל ע' ללשכת ראש אמ"ן ושם הודיע לו האלוף תמיר הימן כי החליט לבטל את המינוי וביקש ממנו לעצור את תהליך החפיפה. הרמטכ"ל כוכבי הבהיר לקצין רב הזכויות כי הסיבה היא לא תפקודו אלא רצון למנות קצין טכנולוגי כחלק מלקחי פרשת חאן־יונס הנוגעים ליחידה, אשר לא ניתן לפרט אותם אך ניתן להגדיר את חלקם ככשלים מהותיים הן בשלב ההכנה והן בביצוע. הרמטכ"ל כוכבי אמר לו כי הקידום שלו לא ייפגע, והסיבה להחלטה היא הרקע המקצועי שלו. גורמים באמ"ן אמרו ל"ידיעות אחרונות" כי להערכתם מי שדחף לביטול המינוי הוא ראש חטיבת המבצעים המיוחדים החדש־ישן, תא"ל א', שהוחזר לשירות לפני כמה חודשים, אשר השפיע על הרמטכ"ל לבחור במפקד אחר. הפעולה בחאן־יונס לפני כשנה, שבה נהרג סאל מ' ונפצע קצין נוסף, גררה שורה של הדחות והחלפות באגף המודיעין שגרמו לטלטלה גדולה בעולם שנחשב לייחודי וקיים קושי למצוא קצינים שיאיישו את המשרות. כפי שנחשף ב"ידיעות אחרונות", כוכבי נפגש בחשאי עם ראש חטיבת המבצעים המיוחדים לשעבר, תא"ל א', והציע לו לחזור לצבא ולתפקיד במקום תא"ל ג' המכהן, שהיה אחד האחראים לתכנון המבצע. כשתא"ל ג' קרא על כך בעיתון הוא פנה להסברים מהרמטכ"ל ולבסוף החליט להתפטר בתוך זמן קצר, מבלי שמונה לו מחליף. לבסוף הצליח כוכבי לשכנע את תא"ל א' לשוב לשירות במסלול שחלקו כאזרח עובד צה"ל, כדי שיוכל להמשיך בפרויקטים שהתחייב להם. עוד נחשף כי גם מפקד סיירת מטכ"ל פורש מתפקידו ומצה"ל באופן מפתיע ונדיר אחרי תפקיד אחד (הוא טוען שבלי קשר לחלקו במבצע), וקצין אחר בדרגת סא"ל נאלץ לסיים את תפקידו טרם זמנו. האירועים הללו מקשים מאוד על תפקוד צה"ל, ובפני ראש אמ"ן, האלוף תמיר הימן, והרמטכ"ל כוכבי עומדת מלאכת שיקום מורכבת ביותר. לגבי סא"ל ע' מבהירים גורמים צבאיים כי מכישלון הפעולה בחאן־יונס לא דבק בו רבב, וכי ההחלטה התקבלה במסגרת תהליך הפקת לקחים רחב שהתבצע במערך המבצעים המיוחדים, בעקבות המסקנה שיש למנות לתפקיד מפקד היחידה הטכנולוגית מומחה טכנולוגי בעל רקע אקדמי הנדסי בתחום. הגורמים ציינו כי סא"ל ע' הינו קצין לוחם מצטיין ואיכותי, שפיקד והוביל פעולות מבצעיות רבות שתרמו תרומה ישירה לביטחון בישראל. סא"ל ע' יצא לשנת לימודים ולאחריה ישוב ויתרום למערכת הביטחון בתפקידים נוספים שייקבעו בהמשך. מערך המבצעים המיוחדים נמצא בתקופת שינויים משמעותית, בעודו מיישם את הלקחים שעלו מתחקירי חאן־יונס. המערך ביצע שלל פעולות מבצעיות לאחר האירוע שהביאו להישגים רבים ותרמו לביטחון המדינה. טבעי שאירוע משמעותי כמו המבצע בחאן־יונס יביא לצורך בהשתנות ובחינת כיוונים מקצועיים חדשים
מדובר צה"ל נמסר בתגובה:
"סא"ל ע' הינו קצין לוחם מצטיין ואיכותי, שהוביל ופיקד על מבצעים פורצי דרך שהביאו תרומה ייחודית לביטחון המדינה. בשל תהליך הפקת לקחים מאירועי חאן־יונס הוחלט על שינוי בדרישות לחלק מהתפקידים במערך. לא נתייחס לדיוני שיבוץ פנימיים".
