אסור שההיבטים הפליליים של תיק 3000 יהיו חזות הכל. הפרשה מורכבת למעשה משישה נושאים שבהם התקבלו החלטות תמוהות פוליטית, והתקיימו תהליכים מוזרים בין משרדי ממשלה, מערכת הביטחון וגורמים פרטיים.

את הנושאים האלה אפשר לחלק לשתי קבוצות: בראשונה ישנן שלוש סוגיות הנוגעות לרכש צוללות. הכוונה להחלטה לרכוש צוללת שישית, להחלטה לרכוש עוד שלוש צוללות ולתהליך המוזר שבו אושר לכאורה לגרמניה למכור צוללות מתקדמות למצרים. בקבוצה השנייה ישנם נושאים חמורים לא פחות, והם כוללים את הפעילות התמוהה לרכוש שתי ספינות נצ"ל (נגד צוללות); להליך הרכישה של ארבע ספינות להגנת המים הכלכליים; ולניסיון להשתלט על מספנות חיל הים. בשל קוצר היריעה אתמקד רק בקבוצה השנייה.

שר הביטחון לשעבר יעלון טען כי ראש הממשלה פנה בזמנו לגרמניה מתוך כוונה לרכוש מחברת טיסנקרופ, בנוסף לצוללות גם שתי ספינות עם יכולת נצ"ל. אמירה זו מעלה שאלות: ראשית, האם ייתכן ומשרד ראש הממשלה יוזם מהלך כזה מאחורי גבו של צה"ל ומשרד הביטחון? הדבר דומה לבקשה לקנות עוד טייסת אף 16 מבלי שמפקד חיל האוויר ידע מכך. דבר שני - ממתי ישראל קונה ספינות נצ"ל? נצ"ל הוא ציוד ייעודי שמותקן על ספינה. חיל הים הישראלי, בשל היותו קטן, בנוי על ורסטיליות, כאשר הספינות שלו (סטיל"ים) בנויות לבצע מגוון משימות, חלקן אכן גם לגלות צוללות, אך מעולם לא "בוזבזו" ספינות יקרות רק למשימה זו. דבר שלישי ועיקרי - נניח שיש צורך בספינות אלה - מדוע לקנות מגרמניה? בניגוד לצוללות אשר יש היגיון להמשיך ולקנות מאותו ספק (טיסנקרופ) אין שום היגיון להעדיף דווקא יצרן זה. יש עשרות מספנות שמסוגלות לייצר ספינות כאלה, לרבות מספנות בישראל ובארה"ב.

הסוגיה השנייה היא רכש ארבע ספינות להגנת "המים הכלכליים". עולות לפחות ארבע שאלות: ראשית, מי הגדיר את הצורך ברכש ספינות ייעודיות להגנת המים הכלכליים ולשם מה? במים הכלכליים יש הרבה מים וקצת דגים. על מה בדיוק יש להגן? אסדות הקידוח הן זמניות והן נמצאות במקום אחד. (המתקן היחיד הקבוע יהיה עשרה ק"מ מהחוף). מי אמר שארבע ספינות יקרות הן הדרך הנכונה ביותר להגן על אתרים אלה? שנית, כיצד השתנתה הדרישה המבצעית מספינות קטנות לספינות גדולות, והאם העובדה שטיסנקרופ בונה רק ספינות גדולות היוותה שיקול? שלישית, מדוע בוטל המכרז ונקבע ספק יחיד? ההסבר שניתן כי הגרמנים מוכנים לתת הנחה הוא מגוחך שכן אם הגרמנים היו מוכנים להוריד כל כך הרבה במחיר, אז בבקשה, שיציעו מחיר נמוך במכרז - ויזכו. רביעית, אם כבר נקבע כי יהיה ספק יחיד וזאת במסגרת הסכם בין מדינות, מדוע לא דרשו מגרמניה גם עסקת גומלין? סוגיה שלישית נוגעת ליוזמה של טיסנקרופ לרכוש את מספנות חיל הים. האם היה גורם ישראלי רשמי שאיפשר לחברה הגרמנית לנהל מו"מ עם ההסתדרות מבלי ליידע את הבעלים של הנכס - חיל הים?

שלוש סוגיות אלה, על השאלות שעולות מהן, כמו גם שאלות דומות, אותן לא פירטתי, ביחס לצוללות אינן נבדקות היות והן לכאורה לא בתחום העיסוק של המשטרה, אך החשיבות של בדיקה שלהם חיונית לא פחות, בין אם תיעשה על ידי ועדת חקירה ממלכתית או על ידי הכנסת או כל גוף מוסמך אחר.