אחת מנקודות המחלוקת הבולטות במשא ומתן להקמת הממשלה היא סוגיית החלת הריבונות הישראלית על שטחי יהודה ושומרון. בעוד בליכוד דבקים בתוכנית ההחלה, יו"ר כחול לבן, בני גנץ, ויו"ר העבודה, עמיר פרץ, מתנגדים לסיפוח חד־צדדי, והחשש שהתוכנית שכה שמחו בה לא תהיה בקווי היסוד של הממשלה גורם לתסיסה בקרב ראשי המתנחלים.
ראשי מועצת יש"ע פנו לנתניהו בדרישה לקיים עימו פגישה דחופה באמצעות אפליקציית זום, כנהוג בימים אלו. "נושא הריבונות נתקל בסירוב מצד גנץ, חרף ההבטחות, והחשש הגדול הוא שזה רק קצה חוט", אמר ראש מועצת יש"ע דוד אלחייני. "אם בכחול לבן מדברים היום על החלת הריבונות, מה יקרה מחר בבוקר כשירצו לפתח את ההתיישבות? נתניהו צריך להגיד 'בלי ריבונות אין ממשלה'. זה קו אדום מבחינתנו. יגאל דילמוני, מנכ"ל מועצת יש"ע, הוסיף: "לא הגיוני שהמילה ריבונות לא תופיע בקווי היסוד. אפשר להתווכח על הפרטים, אבל המהות היא שצריכה להיות פה ריבונות על כל היישובים ביו"ש ובבקעת הירדן".
החשש בהתיישבות הוא כפול: מלבד הריבונות הם מבינים שיתרחש שינוי מהותי במשרדי הממשלה והדבר עלול לפגוע בתוכניות שכבר יצאו לדרך ועלולות להיעצר. “אנו שבים וקוראים לך לא להחמיץ את ההזדמנות ההיסטורית שהובלת”, כתב אלחייני לנתניהו, “כמי שעמדו לצידך בכל מערכות הבחירות האחרונות, אנו מצפים שתעגן בקווי היסוד של הממשלה החלת ריבונות מיידית על יהודה, שומרון ובקעת הירדן".
גם ראשי ארגוני השמאל מתגייסים להשפיע על ההחלטה. במכתב ששיגרו שלום עכשיו, יוזמת ז'נבה וארגונים נוספים, ליו"ר כחול לבן כתבו: "אנו, קואליציה של ראשי ארגונים ישראליים התומכים בפתרון שתי המדינות ובהשגת הסדר שלום בין ישראל לפלסטינים, פונים אליך בדחיפות על מנת לבקשך לעצור את תוכניות הסיפוח ולהבטיח בקווי היסוד של הממשלה הבאה, כי אין ולא יהיה סיפוח חד־צדדי של התנחלויות ושטחים מהגדה לישראל".
